Университет Экс-Марсель (Aix-Marseille University) был основан 1409 года в Экс-ан-Провансе королём Франции Людовиком II, однако уже во времена Великой французской революции часть факультетов была переведена в город Марсель. В 1970 году высшее учебное заведение было разделено на три отдельных университета (Экс-Марсель I, Экс-Марсель II и Экс-Марсель III), каждый из которых получил самостоятельный статус, а также собственное название и порядковый номер. В 2007 году Министерством образования Франции было принято решение объединить данные вузы в один университет Экс-Марсель (Aix-Marseille University). Полностью процесс слияния высших учебных заведений завершился 1 января 2012 года.

Знаменитыми выпускниками университета являются Адольф Тьер (президент Французской Республики (1871-1873)), Жан Мари Гюстав Ле Клезио (французский писатель, лауреат Нобелевской премии 2008), Филипп Сеген (французский политик (1943-2010)), Коринн Тузе, французская актриса, режиссер и продюсер.